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和銅年間（710頃） |
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元明天皇勅願、鎮護国家の道場として開創。
和銅寺と号す。
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天平年間（760頃） |
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金銅誕生釈迦仏、造像される。
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延暦7年（788） |
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傳教大師最澄上人、比叡山開創。
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延暦年間（800頃） |
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傳教大師最澄上人、当山の霊水にて桓武天皇後病気平癒。
善水寺の号を賜る。
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正暦4年（993） |
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本尊薬師如来造像はじめ梵天・帝釈天、四天王、不動明王、僧形文殊菩薩、兜跋毘沙門天、金剛力士の十二体の尊像造像。
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元久3年（1206） |
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銅像阿弥陀如来（善光寺仏）造像。
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文永9年（1272） |
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十二神将像造像。
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延文5年（1360） |
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本堂消失。
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貞治5年（1366） |
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僧延海により本堂再建。
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明応9年（1500） |
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本尊薬師如来光背新造。
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元亀2年（1571） |
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織田信長比叡山焼き討ちの3日後、当山も焼き討ちを受け、本堂、仁王門、塔、六所権現社を残し全山焼亡。
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天和2年（1682） |
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東叡山寛永寺の末寺となり、新たに醫王院の号を賜る。
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元禄5年（1692） |
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中興第四世厚善により本尊開扉。
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元禄9年（1696） |
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乗蓮比丘発願勧進により聖観音像を修復し、岩蔵坊旧跡に観音堂を建立。
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正徳3年（1713） |
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元三大師堂再建。
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明治32年（1899） |
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古社寺保存法により、本堂が重要保護建造物に指定される。
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明治33年（1900） |
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本堂が解体修理される、明治35年竣工。
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明治37年（1904） |
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本尊薬師如来をはじめ7件12躯が旧法によって国宝に指定される。
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明治41年（1908） |
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金剛二力士像が旧法によって国宝に指定される。
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昭和24年（1949） |
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本尊開扉法要が執行される。
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昭和28年（1953） |
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豪雨により仁王門流失。仁王像は本堂に移座していたため難を逃れる。
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昭和29年（1954） |
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本堂が新法によって国宝に指定される。
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平成13年（2001） |
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本尊開扉法要が執行される。
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